La fauna de San Crisanto es extensa

Peces de agua dulce:

• Mojarra rayada (Ciclasoma urophthalmus)
• Mojarra azul (C. octofsaciatun)
• Pinta (C. nigrofasciatun)
• Poecillas
• Belizanos
• Platerito Leh-jabin en maya (Axtianax spp)
• Bagres

Fauna terrestre:

• Cocodrilo de pantano
• Mapache
• Venado cola blanca
• Oso hormiguero
• Tepezcuinte
• Víboras de agua y terrestres

Aves residentes y migratorias:

• Garza blanca y morena,
• Kuka (Garza Conchera)
• Pájaros carpinteros
• Cormoranes
• Pato ala azul
• Martín pescador

La lista es larga, son 137 especies reportadas para el área.

En algunos cenotes, por efecto del huracán Isidoro se quedaron larvas del sabalo (Megalops atlancicus), que despues de cuatro años ya tienen una longitud de 50-60 cm.

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